En pacientes que recibieron omeprazol han ocurrido pólipos glandulares fundido-gástricos, que parecen ser benignos y reversibles luego de descontinuar omeprazol.
En biopsias de cuerpo gástrico de pacientes que recibieron terapia con omeprazol por largo plazo ha sido ocasionalmente observada gastritis atrófica.
Raramente han ocurrido enfermedad hepática abierta, que incluya hepatitis hepatocelular, colestática o mixta, necrosis hepática, falla y encefalopatías hepáticas.